有鑒於南部地區水產養殖業日益蓬勃發展，但對新品種開發、新技術導入及在養殖過程中水體及管理等問題相繼而生，常使業者無法調適，亟需專家指導服務。本中心之設立可：

一、協助養殖業者解決日常養殖所遭遇之問題及提供相關諮詢對策。
二、提供公民營機關團體必要之水產養殖科技服務。
三、提供水產養殖系師生實務教學實習之機會。
四、供水產養殖系老師爭取需要整合大型計畫之相關支援。