建立農林漁牧養殖碳排放盤查中心，是為了掌握產業的碳排放情況，提出有效的減排措施，並達成可持續發展。該中心的發展特色包括整合資源，創新技術，實用成果，國際合作和民眾參與。透過整合國內外相關機構和單位的資源，運用現代科技手段，關注產業碳排放和減排的實際需求，並與國際組織和海外研究機構進行合作，提高中心在農林漁牧養殖碳排放盤查和減排技術領域的國際影響力和競爭力。同時，加強與民眾的交流和互動，提高民眾對產業碳排放和減排的認識和理解，形成全社會關注碳排放和減排的共識和氛圍。因此本中心將提供碳排放盤查聲明書撰寫、輔導碳排放盤查聲明書撰寫、分析碳排放影響因素、提出相應的減排對策和建議、解決新興污染物所帶來之環境問題、建立新興污染物之本土環境監測資料、建立國內農漁產品中污染物之快速篩選技術、訓練課程及其他相關等諮詢及技術服務。

新興污染物初期主要的以水環境的流布為主，並以水環境動物，排放之新興污染物為探討對象，近年來新興污染物之研究已經包含室內外環境、陸生動植物以及人體等。新興污染物種類繁雜且在環境分析中大部分尚未建立標準檢測方法。其鑑定分析結果可能受前處理程序、環境基質、分析儀器精準度以及化合物的物化特性之影響，新興污染物研究中心為了精密定量這些化合物，購置精密的分析儀器高效能液相層析串聯式質譜儀，同時生物偵測法也是中心長期以來發展的方向。生態以及人體的暴露風險更是研究新興污染物對環境衝擊與人體傷害重要的依據，利用離體試驗與動物實驗來探討新興污染物造成的健康風險參數，為未來新興污染物研究中心的發展方向。